2010年4月，吴某从B市运输一批生猪前往上海，B市动物卫生监督机构对该批生猪进行了检疫、消毒，并出具了《出县境动物运输检疫证明？〈运载工具消毒证明〉。车至H市，当地动物卫生监督机构在检查时发现该批动物中有疑似染疫动物。遂进行暂扣，并采样送检（后确认猪瘟）。H市动物卫生监督机构对该批生猪进行了严格的生物安全处理，并以吴某运输染疫动物为由处罚金5000元，吴某因不能送达生猪赔付违约金5000元，共计损失60000元。
本案怎样处理？